益生菌是治疗便秘时经常选择的一类药物，可能单靠此药物很难完全解决便秘的问题。便秘通常是指功能性慢性便秘，产生的机制非常复杂，肠道菌群紊乱只是便秘的原因之一，还有尚未明确的病因，如肠道动力不足、肠道动力紊乱等，还有内脏的敏感性改变以及中枢、肠道之间的相互调节产生紊乱，也与精神状态、压力有关。
所以便秘不可能靠简单的口服益生菌进行治疗，但益生菌对于治疗便秘肯定有一些帮助，在补充益生菌的同时还需要了解患者是否存在动力障碍。如果有动力障碍，可能需要加用促动力的药物，还需要调节神经功能与其他对症治疗，如使用缓解剂帮助排便等。
