从现在的认识实际已经不把间质瘤简单地分为良性和恶性。对间质瘤的认识是一个非常漫长的过程，涉及最近三四十年的时间，但对于间质瘤的综合性治疗，只是在近二十年的时间有了长足的进步和更深入的认识。
胃肠道间质瘤分为四个等级的危险程度，包括极低危、低危、中危和高危。对于低危和极低危，都认为是危险程度相对较低的患者，这两类患者都不需要做术后的辅助性治疗。对于中危和高危的患者，要做进一步的术后辅助性治疗，因此可以把极低危的患者，看作是近似良性的肿瘤患者。
但实际上并不这样，因为有一些非常小的胃肠间质瘤，在治疗之后也会出现复发、转移的情况。因此目前把胃肠间质瘤都定义为存在低度恶性潜能的肿瘤，而不是将其简单区分为良性或者恶性来看待。但是这类肿瘤会区分其不同的危险程度，根据不同的危险程度和生长部位，选择最合适的治疗方法。
