良性胃肠道间质瘤可能会发生恶性肿瘤的改变，胃肠道间质瘤是临床比较常见的一类肿瘤性病变，很少发生淋巴结扩散和转移，因此手术过程中并不会对区域淋巴结过度清扫，可尽量减少手术创伤。
良性胃肠道间质瘤指体积较小、没有进行分叶状发展，患者属于极低危组病灶，此时建议及时进行手术切除，如果没有及时治疗，随着病程延长，机体抵抗力变化，良性病灶体积逐渐增大或者进行分叶，从而进展为恶性肿瘤，此时会造成肿瘤体积增大甚至伴有转移和扩散。
恶性胃肠道间质瘤的患者如果肿瘤伴有播散，无法一次性切除，可以先口服药物，比较有效的药物有甲磺酸伊马替尼，刺激肿瘤逐渐缩小，减少对人体影响，进行二次手术切除，可以最大程度避免肿瘤复发。
