因胆总管是排泄胆汁的主干道，当胆总管有结石时，结石在胆汁排泄过程中会将结石往下推，结石可嵌顿在胆总管末端或十二指肠乳头开口部位。因开口部位除胆总管外同时还有胰管，当结石嵌顿于乳头部位时，会造成胆总管或胰管梗阻，胆管梗阻后，病人出现继发胆管炎症，从轻度胆管炎症到梗阻性化脓性胆管炎，甚至出现败血症、感染性休克，危及病人生命。
结石梗阻胰管可造成胰管内压力增高，病人会出现急性胆石性胰腺炎，对急性重症胆石性胰腺炎，其死亡率可达15%。因此胆总管结石无论是否出现临床表现，皆应及早去医院取石。
取出结石方法有内镜取石、外科手术取石。目前内镜取石是胆总管结石治疗的首选方法，具有微创、痛苦小、费用低、住院时间短的特点，可有效清除胆总管结石。
