生物钟紊乱导致失眠需先针对引起生物钟紊乱的原因进行治疗，如果经常熬夜，夜间12点以后睡觉而造成的生物钟紊乱。这类情况可调整睡眠时间，需在10：00-10：30上床睡觉，睡前不要看电视、电脑、手机，通过调整睡眠周期保持8小时睡眠，6：00-7：00起床。如果难以入睡，可用药物改善睡眠，通过一段时间调整，可以改善因为生物钟紊乱而造成的睡眠障碍。

部分患者是因为经常上夜班，出现昼夜颠倒的生物钟紊乱，这类情况可能需要通过一段时间进行调整。通常提倡使用药物调整睡眠的周期，夜间需在固定时间睡觉，通过固定的时间睡觉和起床可改善这类症状，也可用药物进行辅助治疗，也可用食物，如牛奶、蜂蜜 、水或者改善习惯进行辅助，如泡脚、洗热水澡以及睡觉时保持环境的黑暗和安静，从而可以促进大脑褪黑素分泌，改善生物钟紊乱。若有部分患者是因为时差关系造成，若到当地是白天，尽量不要睡觉，到相应时间后睡觉。回来后如果是白天，也尽量不要睡觉，到夜间10点左右再上床睡觉。若难以入睡，也可用药物调整生物钟，从而改善症状。