大部分胆结石手术的风险并不大，因为胆结石本身属于小到中等的手术，但若胆结石出现异常情况，比如合并胆囊癌、胆囊穿孔、坏疽，合并胆囊急性炎症、出现黄色肉芽肿性胆囊炎等，胆结石手术难度会增大。特别是针对炎症比较严重，化脓穿孔的情况，里面感染严重，充血水肿、组织粘连、分离不清，此时损伤周围组织器官的风险也会相应加大，随之手术风险也会有所增大。
简单的胆结石手术，如腹腔镜微创手术，可能半个小时就能够完成，但针对难的胆结石手术可能会做2-3小时，甚至4-5小时，所以大部分胆结石手术，相对危险性比较小，手术比较成熟。胆结石比较严重的情况，或者病情比较复杂的情况，手术风险性也会相应增大。
