肾萎缩的症状取决于肾萎缩的程度，以及是否是双侧的肾萎缩。有一些疾病，如肾结核导致的肾衰竭、先天性的肾发育不全等。由于一侧的肾脏比较健康，可以维持正常的肾脏功能，而临床不产生症状。当肾实质性疾病导致肾脏萎缩后，就会产生明显的临床症状。
原因在于肾脏萎缩后，肾小球的硬化、肾小管的萎缩和间质纤维化，使得毒素和代谢产物不能及时排出，水分潴留以及生成减少等，引起各个系统的临床症状，包括消化系统的恶心、呕吐、食欲不振，循环系统的顽固性心衰，呼吸系统可以出现酸中毒的深大呼吸，以及肺部感染。在骨骼和内分泌系统，可以有肾性骨病及继发性甲旁咳等，而血液系统的改变有肾性贫血。对于脑血管系统，由于血压的增高、毒素的增高，可以引起脑病等，可以有脑出血、脑梗死，以及精神神经症状，电解质的紊乱和酸碱平衡失调也经常存在。
