肛瘘是肛周间隙化脓性感染的慢性阶段，肛周脓肿成脓以后，经过肛周的皮肤或者肛管直肠黏膜溃破，脓液充分引流以后，脓腔缩小，脓腔壁纤维结缔组织增生，脓腔缩窄，形成一些直的或者弯曲的管道。如果用手摸到的硬疙瘩就是肛瘘合并有感染，如果是摸着肿块消失了，其实是因为脓腔、脓液引流以后形成一个慢性管道。发病原因是肛腺感染，所以感染病灶还持续存在，虽然破溃了，但是原发灶还在，故虽然用手摸着硬疙瘩没有，手术还是需要做。
肠腔里的内容物还可以从感染的原发灶继续进入，再加上肠腔的一些粪便、气体可以继续进入管道，形成一个慢性炎症，反复感染，使得管腔难以闭合，还可以导致引流不通畅，可以再次急性发作，反复发作以后可以形成一个复杂性肛瘘。
