1、如果肛瘘急性发作，病人肛区肿痛会很明显，肛门部位会出现红肿隆起，行走坐卧不便，肛门检查时很难配合，按压肛周皮肤，会有较强的触痛感。肛门部位感染加重，病人白细胞升高明显，会出现发热、寒战等全身中毒症状。严重者肛瘘感染扩散，可以导致坏死性筋膜炎的发生，危及病人的生命安全。
2、肛门部位出现脓血性分泌物是肛瘘的主要特点，这些分泌物会污染内裤、肛门，给患者生活带来诸多不适感。长期的流脓还会导致肛门瘙痒的发生，影响患者的生活及休息。
3、高位肛瘘因瘘道走行穿过肛管直肠环，手术难度大，有时会损伤肛门括约肌，出现肛门失禁，严重影响日常生活。
4、高位肛瘘长时间得不到有效治疗，就会经常发作，肛门部位反复地炎症刺激，会引起肛瘘的癌变，导致肛门癌的发生。肛门的治疗应该是手术治疗，手术的方式不能保留肛门，要进行结肠造瘘。这样患者的日常生活不方便，而且术后的化疗，也严重影响病人的健康。
