亚甲炎（亚急性甲状腺炎）属于自限性疾病，如果症状不明显，通常不需要治疗，可以自行缓解。但是如果脖子发生明显疼痛或者是症状不能改善，同时伴有发热，可以采取对症治疗，抗炎止痛，通常采用非甾体抗炎药来控制症状。
如果采用非甾体抗炎药不能控制症状，比如疼痛症状改善不明显，发热的患者可以考虑使用糖皮质激素进一步缓解症状，但是激素并不能缩短其病程。随着症状好转，可以减量维持。
有些亚急性甲状腺炎的患者可以伴有心悸、怕热多汗等甲亢的症状，可以使用β受体阻断剂来控制症状。
另外，有些亚急性甲状腺炎的患者在甲状腺功能减退期间可以出现甲减的症状，也可以使用左甲状腺素片进行替代治疗。亚急性甲状腺炎预后良好，多数呈自限性，在几周或者几个月内可以完全缓解，绝大部分患者是可以痊愈的。
