巧克力囊肿的并发症包括不孕、感染、盆腹腔广泛粘连等。

1、不孕：不孕多由于男女其中一方或者双方生殖系统有问题导致的，可能与卵巢功能异常导致排卵障碍、黄体形成不良、受精卵运输受限制有关。不孕通常没有明显的临床躯体症状多采用保守治疗和药物治疗，如果病因和器官构造有关，考虑通过手术进行治疗；

2、感染：感染多由于细菌病菌等引起，巧克力囊肿患者由于囊肿破裂、囊液流出会导致盆腹腔感染，形成脓肿，严重可发生中毒性休克。患者临床还可能表现为恶心呕吐，全身不适等。一般采用药物治疗；

3、盆腹腔广泛粘连：盆腹腔广泛粘连是由于囊肿破裂、囊液流出导致盆腹腔感染和组织纤维化，进而导致卵巢和周围组织广泛粘连。临床多表现为腹胀腹痛，排便困难，消化不良等。一般采用药物治疗或腹腔镜手术分离进行治疗。饮食尽量以清淡为主。