小阴茎一经发现应尽早内分泌治疗，根据生长发育情况在决定是否行手术治疗。

一、小阴茎药物治疗

常用药物：GnRH微量泵、促性腺激素、雄激素、庚酸睾酮激素

1、GnRH微量泵：对下丘脑病变者，可用GnRH微量泵治疗，能改善患儿垂体分泌促性腺激素功能。

2、促性腺激素：对垂体功能异常者，可给予重组人促卵泡激素治疗。

3、雄激素：可给予十一酸睾酮肌注或口服，使用此类药物需定期到医院检查雄激素水平，以防止其不良反应。

4、庚酸睾酮激素：属于激素类药物，适用于男性性功能减低，性器官发育不良等，注射庚酸睾酮激素可以帮助增长阴茎长度，但是长期或大量使用可致水肿。

二、小阴茎手术治疗

阴茎延长术：是指利用手术方法切断部分韧带后，使原来固定在耻骨上的隐藏于体内的一部分阴茎海绵体游离释放出来并突出于体外，从而增加阴茎的长度。一般阴茎的延长手术可平均延长3厘米，但因人而异，有些可达5厘米，有些可能3厘米不到。手术关键是切断松解阴茎悬韧带，松解过少达不到延长目的，切断过多可能会破坏阴茎的稳定性，并可能会伤及深部的血管，影响阴茎的勃起功能。

三、小阴茎其他治疗

对有需求者可行变性手术治疗。

激素治疗可以改善成年期的生殖功能。小阴茎整体疗效不佳。经积极治疗，可改善预后。