食道反流的症状大致可以分为三类，即典型症状、非典型症状与消化道外症状，具体如下：
1、典型症状为烧心、反酸、反胃。
2、非典型的症状为胸痛、上腹部的疼痛和恶心。
3、消化道外的症状包括口腔、咽喉部、肺及其它部位，如心和脑的症状，比如咳嗽、咽喉部不适、哮喘等。
临床上反复出现烧心、反酸，特别是伴胸骨后疼痛不适，首先应考虑胃食管反流的可能性。烧心是胃食管反流病最突出的症状，表现为胸骨后或剑突下烧灼感，常由胸骨下段向上伸延，多在餐后一小时出现，卧位、弯腰或腹压增加的时候可以加重。反胃是指无恶心和不用力的情况下，胃食管内容物，主要是胃内容物涌入口腔，其中反流物呈酸性，成为反酸。值得注意的是临床上越来越多的患者，是以咽喉炎、咳嗽、哮喘作为首发的症状来就诊。
初诊胃食管反流病的患者，应该要排除心绞痛，前者多呈慢性病程，反复发作，病程常与体位有关，使用质子泵抑制剂可以获得缓解。心绞痛则常向左肩、左臂内侧放射，疼痛都有诱因，持续时间较短，舌下含服硝酸甘油可迅速缓解，而且发作的时候常有心电图ST段的异常。由于胃食管反流病的症状可有烧心、胸痛、咽部异物，以及咳嗽、哮喘等，涉及到不同部位和不同系统，因此内镜检查和试验性的抑酸药物治疗是鉴别本病的重要方法。在以食管外症状治疗效果比较差的时候，试验性治疗往往能获得明显的效果。
