癫痫主要与晕厥、假性癫痫发作、发作性睡病、基底动脉型偏头痛、短暂性脑缺血发作和低血糖症进行鉴别。晕厥是全脑血流量灌注全面下降的一种短暂性意识丧失，会在久站、剧痛、见血、情绪激动、严寒等情况诱发，在咳嗽、哭泣、大笑、用力憋气、排便、排尿时也可以诱发。意识丧失10秒钟左右，持续时间比较短，而不会出现强直阵挛等抽搐，可以进行头部磁共振和脑血管成像，以及脑电图的检查进行鉴别。
假性癫痫发作又称为癔症样的发作，是一种功能性的疾病，可以做脑电图进行确诊。假性癫痫发作的患者会在他人在场的时候出现，抽搐发作的时间会比较长，暗示治疗有效。
发作性睡病可以引起意识丧失和猝倒，容易误诊为癫痫，需要根据突然发作的不可抑制性睡眠、睡眠瘫痪、睡眠前幻觉和猝倒症四联征来鉴别。
基底动脉型偏头痛也可以出现与失神发作相鉴别的类似情况，基底动脉型偏头痛在意识丧失前常有梦样的感觉，偏头痛为双侧，多伴有眩晕、共济失调、视物模糊、眼球运动障碍等情况出现，脑电图可以见到诊区的激波。
短暂性脑缺血发作在脑电图上没有癫痫样的放电情况，有脑血管的狭窄等等可以进行鉴别。低血糖症可以出现抽搐发作，测量血糖低于2mmol/L可以进行鉴别诊断。
