甲状腺功能不正常的原因有多种，甲状腺合成分泌甲状腺激素，是身体的助动机，缺乏以后可以表现为甲减，如果分泌甲状腺激素过多，可以叫甲亢。无论是甲亢或甲减，最常见的原因是自身免疫的损伤，每个人都是免疫系统，应该保护机体，如果免疫系统对身体，特别是甲状腺的某些组织认为是敌人就会产生防御反应，产生了自身抗体，像促甲状腺激素受体抗体，可以伪装成促甲状腺激素，刺激甲状腺增生，而且工作明显的加快，合成大量的甲状腺激素，造成甲亢。
另外，也可以产生甲状腺球蛋白抗体和甲状腺微粒体抗体，造成自身免疫损伤甲状腺组织，造成甲状腺组织合成分泌甲状腺激素不足，引起甲减，除了自身免疫性损伤，可以造成甲状腺功能的增高或者减退，像甲状腺手术也可以造成甲状腺损伤，还有甲状腺长肿瘤，比如长高功能的腺瘤，还可以出现甲亢，如果甲状腺出现了恶性结节，如甲状腺癌，如果进行手术切除了甲状腺肿瘤和甲状腺部分的组织，同样可以引起甲状腺功能的受损，某些疾病，比如病毒感染性相关的亚急性甲状腺炎，可以出现一过性甲状腺功能的异常，即可以在早期表现为甲亢，但是随着病情好转，可以出现甲状腺功能减退，但它是病程自限，随着疾病的好转痊愈，甲功就会恢复正常。甲状腺功能不正常原因比较多，在出现相应症状，进行原因的筛查，针对病因进行相应的治疗，但是通常采取的是针对甲状腺功能不正常的治疗。
