抗甲状腺药物的副作用主要是白细胞减少。大部分发生在用药1-3个月之内，严重的发生粒细胞缺乏症，虽然发病率并不高，不到1%。但是最开始会出现发热、咽痛，是抗甲状腺药物最严重的副作用，死亡率比较高。因此我们在治疗初期，往往1-2周就检查一次白血球数，如果发现白细胞持续性下降，中性粒细胞绝对值计数小于1500/mL，我们可以停用抗甲状腺药。如果发生粒细胞缺乏症，应该立即停用抗甲状腺的药，积极的给予广谱的抗生素，并且使用集落刺激因子进行抢救治疗。
抗甲状腺的药物，部分患者服用以后还可以出现过敏，出现药疹，一般药疹可给予抗组织胺的药物，或改用其它的抗甲状腺的药。如果出现严重的过敏，比如剥脱性的皮炎，应该立即停药，医生帮助我们使用肾上腺皮质激素进行治疗。有些抗甲状腺的药物还可能造成肝功能受损，可以出现血清转氨酶增高，一般减少剂量，并加用保肝药物，严重的可以换用其它的抗甲状腺药物或停用。丙硫氧嘧啶的少见不良反应，还包括抗中性粒细胞胞浆抗体阳性的血管炎，也有少数导致肝坏死的报道。虽然抗甲状腺的药物有副作用，但是医生会提前和我们沟通，告诉我们需要注意，而且医生也会帮助我们定期复查相应的指标，绝大部分抗甲状腺药物安全有效。
