3个月的宝宝心脏如果有轻微杂音，通常有生理性杂音，也可能有病理性杂音，一般见于以下几种情况：

一、生理性杂音：

1、肺血管相对狭窄：3个月的宝宝由于在胎儿时期，肺的血流比较少，而出生以后，第一声哭出，随着肺的扩张，肺的血流会显著的增加，而肺血管这时候相对狭窄，引起了生理性的杂音。肺动脉相对有一些狭窄所导致的杂音，这是一种生理性的杂音，也是引起心脏轻微杂音的原因，通常比较常见；

2、动脉导管关闭：3个月的宝宝由于动脉导管关闭，然后动脉导管变成了一根韧带，牵拉左肺动脉，使左肺动脉的血流速度增快，从而导致的心脏杂音。

二、病理性杂音：

有可能是由于先天性心脏病导致的心脏的轻微杂音，比如常见的房间隔缺损。在3个月的时候，由于房间隔缺损的缺口存在导致了肺血的增多，然后肺血管相对的狭窄所引起的杂音。其实与生理性杂音有非常类似的地方，所以杂音也是可以非常轻微。

因此，确定3个月宝宝心脏有轻微杂音的病因，通常需要完善超声心动图的检查，确定杂音的来源，到底是由于生理性的肺血管相对狭窄导致，还是由于房间隔缺损等先天性心脏病所导致。只有通过超声心动图辅助检查才能作出判断，而不能仅仅通过杂音的性质、响度来做出肯定的结论。