甲亢合并桥本甲状腺炎与一般的甲亢治疗相同，部分患者会引起甲亢反复波动。甲亢有三种治疗方法，包括药物治疗、碘-131治疗和手术治疗。

由于甲亢患者合并桥本甲状腺炎，部分患者服用甲亢的药物甲状腺功能波动比较大，会出现甲亢复发或甲减的状况，所以需要调整治疗。如果反复波动，甲状腺功能不能维持正常，建议患者做碘-131治疗去除甲亢，这样甲亢不容易复发。

但是随着碘-131治疗时间的延长，甲减的几率会越来越高。根据促甲状腺激素TSH的水平，某些患者在做碘-131之后出现甲减，可能会终身用甲状腺素片(左甲状腺素钠片)替代治疗。

目前甲亢患者由于甲亢的并发症，如心房颤动或心力衰竭等症状的出现，建议患者用药物治疗或碘-131治疗，使甲亢恢复，甚至变成甲减，对身体的损害会进一步地降低。但是重度甲减对身体的损害也较严重，所以，应针对不同的患者，根据不同的情况进行诊治。