跑步时出现膝关节疼痛往往是由于髌骨软化症或膝关节骨关节炎引起，如果之前有半月板损伤，也可能导致跑步后膝关节疼痛。因此应注意避免膝关节受到外伤，避免内外侧半月板、前后交叉韧带以及内外侧副韧带的损伤，以保持膝关节的稳定性。
对于与年龄相关的退行性骨关节炎，也应注意保暖，避免长时间爬楼、爬山或剧烈蹲、跑和起跳等活动，以减少关节软骨的磨损。为了增加关节软骨的营养、减轻退变，可以采取热敷理疗来促进局部血液循环。
还可以口服适当的非甾体类抗炎药物，如布洛芬、双氯芬酸钠、洛索洛芬钠或塞来昔布等，或者氨基葡萄糖，可以起到抗炎镇痛和营养软骨的作用。局部贴敷膏药也可以通过活血化瘀、舒筋通络的方式，缓解症状。
应多进行一些免负重的功能锻炼，如游泳或躺在床上进行简单的直腿抬高、空中自行车等运动，以增加关节周围肌肉和韧带的强度，提高关节的稳定性，使伸膝装置更加顺畅，避免软骨进一步磨损，预防骨关节炎的发生。总之，应采取综合治疗的方法来缓解跑步时膝关节疼痛的症状。
