幽门螺杆菌药物一般指四联疗法的药物，包括一种抑制胃酸的药、两种抗生素、一个胃黏膜保护剂即铋剂。
药物副作用主要与两种抗生素和铋剂相关，常见的副作用包括进食时恶心或者呕吐、皮疹、腹泻、大便不成形、大便发黑。大多数幽门螺杆菌药物引起的上述副作用，通过停药以后都能恢复。部分严重的副作用在停药后可能会继续存在，需要进一步的治疗。
比如常见的体质比较虚弱的老年人可能会出现伪膜性肠炎，是因为使用抗生素后，肠道内的正常菌群被破坏，从而导致出现特殊的难辨梭状芽孢杆菌感染，会引起顽固性的腹泻，导致伪膜性肠炎。在停药后还需要使用特殊针对性的抗生素进行治疗，才能彻底缓解。
