食管癌的放疗与化疗是两种不同的治疗方式，毒副反应的大小并无可比性。
食管癌的放疗是局部治疗，主要的毒副反应是对放疗区域内脏器造成一些损伤。食管位于两个纵隔之内，涉及到肺时会出现肺损伤；涉及心脏时会引起心脏、心肌的损伤及冠状动脉损伤；涉及到皮肤会引起皮炎。食管的上部与咽喉部连接，放疗可引起咽喉部疼痛、咽喉炎等表现。食管下部与胃连接，部分患者需进行腹腔照射，会引起胃黏膜的损伤，甚至会引起周围肝脏与肾脏的损伤。
食管癌的化疗主要是通过口服或静脉输液，使药物进入血液系统，以杀灭全身的肿瘤细胞，因此化疗的影响为全身性影响。血液系统的损伤较为常见，如白细胞、血小板、血红蛋白的损伤，肝脏、肾脏的损伤与黏膜皮肤的损伤。
化疗的毒副反应通常出现得较快，程度较重，但患者恢复时间较快，不会造成长期的影响。放疗的毒副反应出现得较慢，程度较轻，但延续时间较长，甚至有些慢性的反应会影响患者的一生。
