功能性下丘脑性闭经是由于下丘脑，即内分泌最高级中枢，激素分泌出现异常，从而导致垂体激素分泌减少，性腺激素分泌相应减少，导致女性闭经。功能性下丘脑性闭经的病因尚不明确，但临床发现不少女性往往存在生活、工作、学习压力大，或者情感出现挫折或波动，都可能导致功能性下丘脑闭经。
一旦出现功能性下丘脑闭经，可以使用药物摸拟下丘脑功能，给垂体发出信号，垂体再分泌激素到性腺，从而实现月经来潮。部分女性使用药物一段时间后，可以将下丘脑功能引向正轨，停止服药。但有些女性停药以后，仍不会出现月经，需持续用药以维持月经。
