无论男性或女性，肾积水常见的原因在于泌尿系统存在梗阻，可发生在输尿管、膀胱以及尿道，主要取决于患者积水的表现。对于单肾积水患者，梗阻部位常见于输尿管，梗阻原因可以是输尿管结石、输尿管炎症狭窄、输尿管肿瘤，也可以是外部器官或者外来因素压迫输尿管所导致。
对于双肾同时出现积水的患者，可由于双侧输尿管同时发生病变所导致，还可由于膀胱或尿道存在梗阻所导致。对于男性，特别是中老年男性，常见原因主要是前列腺增生导致膀胱无法完全排空，从而造成双肾积水。对于女性，常见的原因在于膀胱颈部梗阻，同样使膀胱无法排空而造成双肾积水。男性和女性同时存在疾病是尿道狭窄，在尿道某个部位存在狭窄，均可导致膀胱无法完全排空而造成双肾积水。
