胆总管结石的症状主要是结石堵塞胆管而引起的疼痛、黄疸、发热等。部分胆管结石较小，未完全堵塞胆囊管，患者也可以保持一段时间内无症状，或者由于胆汁排出不畅而引起的上腹部隐痛、消化不良、厌油腻、腹胀等。若结石完全堵塞胆管，患者就会出现明显的腹部疼痛，伴随有胆汁反流引起的皮肤、巩膜黄染。
如果胆管结石合并有细菌感染，患者会出现发热，可能会合并寒战，更严重的会导致感染中毒性休克，患者会出现血压下降、四肢皮肤湿冷、少尿、神志淡漠等。影像学检查除了可以看到胆管有强回声或高密度的病灶外，还可以发现胆管的扩张。若患者出现胆管结石，但长时间不进行治疗，除容易出现急性化脓性梗阻性胆管炎外，患者也会出现胆汁淤积性肝病，甚至导致肝硬化，长期的胆管结石也有可能会增加胆管肿瘤的风险。
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