甲胎蛋白是肿瘤标记物，主要通过血液化验进行检测，也可能在腹水或者囊液等体液的标本中进行检测，但相对比较少见。甲胎蛋白对于原发性肝癌有一定的诊断意义，乙肝或肝硬化的病人定期检测甲胎蛋白，便于早期发现原发性肝癌，但需要注意，甲胎蛋白升高不一定属于癌变。
此外，并非所有肿瘤均可能出现肿瘤标记物异常，即使甲胎蛋白提示原发性肝癌，但也不是所有的原发性肝癌都有指标异常，同样甲胎蛋白指标异常也不一定是原发性肝癌。甲胎蛋白轻度升高，可能提示炎症，如肝炎病人的肝细胞坏死、再生。其他肿瘤，如胃癌也可以有甲胎蛋白的异常，所以甲胎蛋白与原发性肝癌并非必然对应关系。
