做肛瘘手术并没有痛苦，因为手术期间需要做麻醉，所以不会感觉到比较严重的疼痛，手术半小时左右即可完成。肛周脓肿破溃后，可能会在肛门处出现小瘘口，此时可能产生肛瘘。
肛瘘需要手术治疗，因为肛瘘不止有外口，可能在肛门内也有破溃的内口，经常有大便残渣进入，可能再次发生肛周脓肿。所以要进行手术切除整个肛瘘，包括内口和外口。
由于肛瘘手术后肛门不可能一期缝合，所以手术伤口可能会敞开，需要靠肉芽组织从瘘口切口底部逐渐生长到皮肤，慢慢愈合。如果缝合可能外面皮肤长好，但里面又形成新瘘口，术后伤口愈合的时间可能较长，需要15-30天的时间。但是这段时间也不会有明显痛苦，只是生活上不太方便，需要经常换药、清洗。
