胆囊萎缩不切除，最大的风险是胆囊癌变。胆囊作为储存和浓缩胆汁的器官，如果已经萎缩，功能丧失，保留萎缩的胆囊，一般对患者身体有害无益。大多数胆囊癌，见于长时间胆囊结石，合并慢性胆囊炎所致，其中一部分会引起胆囊萎缩。通过影像学检查，会发现胆囊没有正常结构，胆囊内无胆汁，有或无结石存在，萎缩的胆囊，没有保留价值，而及时手术切除，可以显著降低胆囊癌变的风险。
若患者诊断胆囊萎缩，而身体情况无手术禁忌证，一般建议尽早外科手术治疗，以避免出现胆囊癌变的风险。胆囊癌变从时间或病程上，目前没有办法预测准确具体时间，但疾病存在时间越久，发生癌变的风险也就越高。
