真菌性角膜炎是真菌感染角膜后，在角膜里滋生引起的炎症。真菌性角膜炎首先考虑局部抗真菌药物治疗，需要频繁点眼药水。现在有很多抗菌性药物，例如伏立康唑、纳他霉素等药频繁来点眼，有可能把疾病治好。
单纯用药物治疗时效果可能不太好，需考虑做清创手术。举个简单的例子，如夏天蒸馒头，如果蒸好馒头放到通风的地方，馒头会风干，但是把刚蒸好的馒头放在比较密闭的空间，过1-2天馒头上会发霉，需要把馒头皮揭去，这样发霉的部位就会消失。其实真菌在药物治疗效果不好时，可考虑用手术方法清创。如果清创和药物治疗效果都较差，疾病一直在恶化、发展时，需要进行角膜移植术治疗。
