肾穿刺活检术稍微有一点疼痛，但是此疼痛不明显、所以如果需要做肾穿刺活检，还是可以去做。肾穿刺活检主要需要定位，通常都是在超声下将肾囊位置定下来以后，再在局部打局麻药，通常应用利多卡因进行局部的浸润麻醉，再往下浸润麻醉。
打麻醉针的过程中间，第一针会有点痛，以后再从麻醉点往下进针，一直进针到肾脏包膜。此时病人可能也会感觉到有一点疼痛、以前都是用较大的穿刺针，所以病人会有点疼痛。但是现在都是用麻醉枪来做，麻醉枪通常很快会抽取部分组织，此时病人感觉不到疼痛。
病人回去以后。要求病人要卧床。卧床的过程中，很多病人也不敢动。如果同一个姿势时间长了以后，此时也会有疼痛，但此时和肾穿刺活检没有关系。等到麻药的劲过了以后，病人还会感觉到局部皮肤有点疼痛，但此疼痛也不是太剧烈，也可以忍受。所以肾穿刺活检术会疼痛，但是此疼痛通常都可以忍受。
