巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位症，目前这种疾病发病机制不是很清楚，有以下三种学说，但是任何一种学说都不能够完全解释内异症的所有方面，一般情况如下：
1、种植学说：其中包括经血逆流、医源性种植、淋巴以及静脉播散等，这一理论认为异位的内膜是来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，并且进行种植和生长，所以导致内膜异位症的情况发生。
2、体腔上皮化生学说：这种化生学说认为异位的内膜细胞，来源于盆腔腹膜的体腔上皮化生而来，所以具有高度的化生性，受到卵巢激素经血和慢性炎症刺激后，被激活而转化为内膜组织。
3、诱导学说：经血逆流无疑是内异症的重要原因，但并不是所有的经血逆流的女性，都会发生子宫内膜异位症。所以诱导学说认为，种植的子宫内膜会释放某种物质，诱导未分化的间充质，形成子宫内膜异位组织。
目前的研究又发现一种在位理论，在位内膜理论提出在位内膜也是患者经过经血逆流，或者经血中的内膜碎片能否存在异地进行生长的关键因素。根据研究的不断发展，子宫内膜异位症，也就是卵巢巧克力囊肿的发病原因，正在被不断地进行分析和解读。