肛瘘根治性手术跟肛瘘、肛周脓肿的一次性根治手术类似。根治性手术的核心内涵是要找到感染源头，即原发性内口在哪个肛窦的位置，这是治疗成败的关键。只要准确找到原发性内口并加以处理，保持创面通畅引流，肛瘘就能一次性根治。所以每个肛瘘患者，包括医生、患者，都很关心内口的位置。通过单纯的直肠指检，沿瘘口瘘管去摸，看它前行的方向是往肛管前方、往肛管后方，还是左侧或者右侧前行。另外也可通过影像学检查，比如盆腔MR，查看感染范围，瘘管走行方向跟哪个肛瘘有密切联系。术中也可通过探针探查在瘘口、瘘外口的位置，通过探针深入瘘管，查看瘘管走形方向。还可在瘘口里置管，打双氧水或者染色剂，看它能不能在原发性内口，即肛窦里有染色剂冒出。通过这些办法，明确内口所在位置，为根治性手术，提供基础条件。
