小儿肛周脓肿自愈性可能性较小，可以进行保守治疗，在保守治疗基础上注意个人卫生状况，保持肛门部位干燥和清洁，大便过后尽量用温水进行冲洗。如果肛周化脓情况较为严重，建议及时行手术治疗。
小儿肛周脓肿多由患儿母亲换尿布或纸尿裤时发现，肿块多已明显形成，实际发病比体征早3-5天，故发现肿块大多数脓液已成，保守治疗已经无效。不论脓腔破溃与否，只要肿块出现液化形成腔隙，按之有波动应该早期采取手术治疗。早期手术因脓腔内未完全形成瘘管，易愈合，愈合瘢痕细小，不影响肛门功能。因此，发现儿童存在轻微肛周脓肿时可以先采取保守治疗，但发展成为肛瘘后，手术治疗是唯一出路。
