小肠可以分为十二指肠、空肠、回肠，与胃相连部位是十二指肠，一直到十二指肠悬肌韧带，是被检查者本人12个手指并列的长度，所以称为十二指肠。再往远处走，位于人体左侧腹部是空肠，十二指肠与空肠相连。再往下一直到结肠起始端，为回肠，回肠通过回盲瓣与结肠相连。
食糜通过小肠源源不断往结肠运送，小肠是重要营养素吸收的位置，从十二指肠逐渐开始吸收营养素，如铁、维生素、叶酸、蛋白质、脂肪等，都通过小肠吸收为主，剩下残余水分从结肠进行吸收。小肠长度因人而异，4-7m都有可能。所以在检查小肠时难度比较大，可以进行小肠镜检查，一般要从口侧进行一次，再从肛侧进行一次，才能将小肠完全看清楚。
