矮小症需要住院检查主要是因为其常见于内分泌代谢性疾病、遗传性疾病、长期的全身慢性疾病以及长期用药等情况，需要进行特殊检查来鉴别上述引起的病因，但上述检查在门诊不能很好的完成，尤其是内分泌激素，经常需要根据人体内分泌激素的分泌节律进行测定。

内分泌常见的矮小症、垂体生长激素分泌减少或者缺乏，以及下丘脑-垂体胰岛素样生长因子等生长轴功能异常，这些情况都需要测定相关激素。

生长激素需要测定站位、卧位以及睡眠状态、清醒状态时分泌的水平，胰岛素样生长因子以及皮质醇激素水平，也要测定上午8点、下午4点、午夜12点的皮质醇水平变化，因此这些内分泌激素需要依靠人体的分泌生长节律进行测定，在门诊不能完成。

矮小症需要鉴别明确，尤其需要测定准确的内分泌激素，与生长发育、矮小症有密切关系的生长激素、糖皮质激素等，必须住院才能准确完成。另外，某些遗传因素造成的矮小症需要进行基因相关检查，甚至其父亲、母亲都需要进行家族系统的基因检查，而部分长期的慢性病(如克罗恩氏肠道疾病)等，也需要做相关的鉴别检查。