Ⅱ型呼吸衰竭的血气诊断标准是氧分压＜60mmHg，二氧化碳分压＞50mmHg，即体内氧气减少、二氧化碳潴留。Ⅱ型呼吸衰竭最常见的疾病，包括慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺结核等。
发生Ⅱ型呼吸衰竭，一般可以给予无创正压通气或有创机械通气等方式，帮助提高氧分压、降低二氧化碳。如果存在气道痉挛，可以考虑静脉使用糖皮激素，如注射用甲泼尼龙琥珀酸钠。同时给予雾化吸入短效β-受体激动剂，如沙丁胺醇，并联合吸入短效的抗胆碱能药，如异丙托溴铵，也可同时静脉使用茶碱类药物，如氨茶碱、多索茶碱，通过这些治疗，可以缓解气道痉挛，从而促进二氧化碳的排出。
Ⅱ型呼吸衰竭严重时会出现肺性脑病，主要见于二氧化碳大量潴留，引起了神志改变。轻者会出现神志淡漠、胡言乱语的症状，重者会发生昏迷等严重意识障碍。
