碘-131治疗后，最大的副作用就是甲减，因为甲状腺是非常高度聚碘的器官，如果给碘-131的量较合适，做完后既没有甲亢，也没有甲减。
通常无论是做清甲还是甲亢的碘治疗，如清甲后可能需要稍微有亚临床甲亢，碘-131量就要增大，或者是做甲亢的碘治疗后，给碘-131的量会稍微大一点，最常见的副作用就是永久性甲减。
因为碘-131是一种放射性治疗，对孕妇可能会有致畸的作用，所以做碘-131要避开孕妇、小婴儿，但是对其他成人最大副作用就是永久性甲减。
患者短暂的情况可能会出现一过性甲亢，如甲亢患者因为需要停药，停药后再服用碘-131，甲状腺激素会短时间内大量入血，血中的甲状腺激素水平非常高，会有一些心慌、手抖症状，有加重的趋势。因此，患者可能短时间内会有甲亢症状，多数长期的情况会有甲减的表现。
