甲胎蛋白最常见的是与肝癌密切相关，但是需要注意的是作为一种肿瘤标志物，甲胎蛋白并不是与癌症一一对应，甲胎蛋白升高不一定就是肝癌，当然常见于肝癌。这是第一类，与肿瘤相关。另外，需要注意的是甲胎蛋白升高也不一定就是肿瘤。
比如有些患者本身有慢性肝炎，如果肝炎处于活动期，导致肝脏的炎症，在这样的情况下，患者也有可能会出现甲胎蛋白升高，当然升高的水平有可能与肝癌患者升高的水平不一样。总体上甲胎蛋白相可以作为肝癌的一个肿瘤标志物，相对比较敏感。
但是有可能是提示其他的恶性肿瘤，比如非精原细胞瘤，还有一些在其他良性肝脏疾病患者中也会出现升高。
