强直性脊柱炎的诊断之一就是实验室检查，而实验室检查第一就是HLA-B27，HLA-B27只是基因类型，HLA-B27阳性的人群得强直性脊柱炎的几率或者危险性高，比HLA-B27阴性的人得强直性脊柱炎的几率要高，但并不是HLA-B27阳性就一定是强直性脊柱炎，而HLA-B27阴性就一定不是强直性脊柱炎。对于强直性脊柱炎的诊断不能单纯依赖HLA-B27是否阳性，而是要看临床表现、X光检查、CT、核磁，对于骶髂关节、髋关节、脊柱关节的检查，以及实验室进行检查血沉、C反应蛋白、类风湿因子等，要跟其它的疾病进行鉴别。

对于其它的腰椎间盘的病变以及腰椎病变以及骨性关节炎、骨质增病变进行鉴别，而不能单纯依赖HLA-B27是否阳性对强直性脊柱炎作诊出断。所以当怀疑有强直性脊柱炎时可以查HLA-B27，但阴性不能完全地排除诊断，而阳性不能完全肯定诊断，而要根据临床表现作出判断。