丛集性头痛需要与发作性偏侧头痛、偏头痛、紧张型头痛、症状性偏头痛等疾病鉴别。
1、发作性偏侧头痛：好发于女性也表现为一侧眶周、眶上和(或)颞部剧烈头痛，可伴同侧结膜充血、流泪、鼻塞、流鼻涕、前额和面部出汗、瞳孔缩小、眼睑下垂等。
2、偏头痛：好发于青少年女性，头痛前可有先兆症状，头痛常呈搏动性，长伴恶心、呕吐症状，可有阳性家族史等。
3、紧张型头痛：是双侧枕部或全头部紧缩性或压迫性头痛，常为持续性，很少伴有恶心、呕吐，部分病例也可表现为阵发性、搏动性头痛。多见于青、中年女性，情绪障碍或心理因素可加重头痛症状。
4、症状性偏头痛：缘于头颈部血管性病变的头痛，如缺血性脑血管疾病、脑出血、未破裂的囊状动脉瘤和动静脉畸形；缘于非血管性颅内疾病的头痛，如颅内肿瘤；缘于颅内感染的头痛，若脑脓肿、脑膜炎等。这些继发性头痛在临床上也可表现为类似偏头痛性质的头痛，可伴有恶心、呕吐，但无典型偏头痛发作过程。
