通常病毒性脑炎急性期治疗周期在三周。在确诊病毒性脑炎后，应积进行抗病毒药物的治疗，首选无环鸟苷。病毒性脑炎多数为单纯疱疹病毒感染引起，无环鸟苷有比较好的治疗作用和效果，应早期、足量、全程使用，治疗周期为三周左右。
针对于急性期病毒性脑炎的患者，除抗病毒药物治疗外，还需加入脱水、降颅压、改善脑水肿的药物，如甘露醇。针对患者其他的合并症，如不同程度的癫痫、抽搐，需要加入抗癫痫药物进行治疗。部分患者伴有不同程度的意识障碍，可以加用抗感染药物，包括雾化吸痰，雾化气道的药物进行治疗。在急性期治疗后，恢复期时，需要进行肢体的康复、复健等，此时治疗周期相对较长，通常在发病后半年之内。
