扁桃体结石如果没有症状，可以不进行处理，即不用管它。如果扁桃体结石比较大，引起异物感、咽干、刺激性咳嗽，甚至咳出来的时候有臭味，这时可以自己先处理，可以用棉签、镊子或口腔清理器，将扁桃体结石取出来，但取的过程当中一定注意，不能将扁桃体进一步损伤，这样会导致感染进一步加剧。
一般扁桃体结石是由于扁桃体隐窝口的炎症导致隐窝口狭窄，隐窝内有食物残渣、细菌的尸体、脱落的上皮和黏液等形成颗粒 ，时间长了就钙化，形成扁桃体结石。一方面要将大的结石取出来，一方面也要用含片、漱口水以及治疗咽喉炎的中成药进行治疗。
生活上要避免辛辣刺激性的食物，不要喝酒，多数情况扁桃体结石慢慢地就会变少，炎症也会变好些。但是如果少数人扁桃体结石反复出现，并且异物感或者白色的颗粒引起的口臭以及刺激性咳嗽，反复地持续不好 ，便要行扁桃体的切除手术。
