在目前的医疗发展条件下，胃肠间质瘤的手术方式非常多，整体技术非常成熟，所以手术安全性可以保证，目前主要采用以下几种方式：
1、内镜下治疗：主要针对部分肿瘤完全在腔内生长的患者，可以采用内镜下EMR或ESD，甚至可采用内镜下全程切除。相对而言创伤比较小，主要风险为局部出血、穿孔；
2、微创腹腔镜或机器人手术：主要针对部分肿瘤朝浆膜外生长的患者，可以通过内镜下进行局部切除，或做胃大部切除，完成肿瘤切除和消化道重建，与内镜治疗相比，相对创伤比较大；
3、内镜和腹腔镜或微创技术联合使用：部分可以采用内镜下切除后，进行腹腔镜下胃壁修补，或内镜下进行病灶定位，在腹腔镜下实施切除。
目前胃肠间质瘤手术的技术已经比较成熟，但是无论哪一种手术都有一定风险，要根据患者年龄以及是否有合并症等综合情况，进行较准确的手术安全性判断。
