诊断原发性肝癌最有价值的实验室检查指标就是甲胎蛋白，也就是AFP。如果AFP超过400μg/L，能够排除相应的肝炎、胚胎源性的肿瘤以及妊娠等因素，可以作为肝癌有效的确诊标志。此外，也要看甲胎蛋白是否呈持续升高，如果出现持续升高，也需要注意。
其实诊断肝癌最明确的标准就是要影像学检查出现肝癌的影像学标志，至少要在两项影像学确诊的情况下，才能对肝癌进行诊断。甲胎蛋白中有30%的肝癌患者其实会出现阴性，针对这类的患者，还需要结合甲胎蛋白异质体、异常凝血酶原等肿瘤标志物进行综合判定，往往对肝癌的确诊能起到很好的帮助。
所以肝癌的诊断并不能单纯地靠甲胎蛋白进行确认，还需要综合多方面检查，进行共同的评估。一般定期的体检项目，就包含肝胆彩超、肝功能、甲胎蛋白，能够有效对肝脏进行初步的评估和筛查。
