生殖器疱疹需要与龟头包皮炎、硬下疳、白塞病、外伤性生殖器溃疡等疾病鉴别。
1、龟头包皮炎：龟头包皮炎患者病发时期，也会伴有与生殖器疱疹相类似的潮红、溃疡、渗液等体表病征。因此两者需要配合病毒培养分析、聚合酶链反应（PCR）测试等辅助性诊断手段，进行进一步确诊。
2、硬下疳：一般为单个溃疡，呈圆形，周边稍隆起，质地较硬，通常伴有无痛性腹股沟淋巴结肿大。
3、白塞病：以血管炎为基础的慢性多系统疾病，生殖器溃疡大而深，持续时间长，可出现皮肤结节性红斑、毛囊炎。可伴有眼色素膜炎和头痛、头晕、意识障碍、精神异常等中枢神经系统症状。
4、外伤性生殖器溃疡：皮损单发，常有局部损伤史，无固定形态，溃疡表面可为岀血样或化脓样，实验室检査査不到单纯疱疹病毒。
