梗阻性心肌病一般通过超声心动图诊断，而无论是肥厚型梗阻性心肌病还是肥厚型非梗阻性心肌病均具有遗传倾向，有肥厚型梗阻性心肌病病史以及有猝死家族史的患者可以行超声心动图检查是否存在肥厚型梗阻性心肌病。一般在正常情况下，室间隔的厚度是8-12mm，超过15mm就要判断是否存在梗阻的情况，并需要观察室间隔。肥厚型梗阻性心肌病主要表现在左心室肌肉的不对称增生，尤其是室间隔肥厚。部分患者的肥厚部位不典型，可以发生在左心室靠近心尖部位，而非对称性增厚导致左室流出道狭窄，射血困难，并造成梗阻。

超声心动图显示舒张期室间隔的厚度≥15mm，或者是室间隔与左室后壁的厚度之比≥1.3则需考虑诊断，再者就是静息或运动负荷超声显示左室流出道压力阶差≥30mmHg者，即为肥厚型梗阻性心肌病。因此这种诊断就要从超声去测量、去判断。

部分患者平时活动以后出现症状，但是做超声检查没问题。这种在静息状态下不出现梗阻者，但是怀疑肥厚型梗阻性心肌病的患者需要评估激发状态下的情况，观察活动以后或者是心肌收缩力增强以后有无梗阻。伴有流出道梗阻的患者可见室间隔流出道部分向左心室内突出、二尖瓣前叶在收缩期前移、左心室顺应性降低等。只要具备以上某一方面基本都可以明确诊断。