溃疡性结肠炎，按照医生的医嘱、跟随医生的指引治疗最有效。因为溃疡性结肠炎是比较复杂、难以治愈的慢性疾病，往往跟免疫功能的紊乱有关，所以很多病人难以达到治愈程度。

对于药物治疗，有很多的选择，最基本是可以用柳氮磺胺吡啶，也可以用5-氨基水杨酸、激素、免疫抑制剂、生物制剂等。针对不同程度和不同部位的溃疡性结肠炎，还有发病次数进行药物的选择，而且其疗程也不完全相同。有时可以用3个月，有时可以用到半年，有时甚至用到1年，才能再复查肠镜。根据肠镜的结果，才能调整药物的治疗方案。

治疗的目标最后是要达到镜下愈合，即临床上没有症状并不代表疾病完全治愈。如果临床没有症状，感觉到没有不舒服，就随意停药，很容易再复发。要达到内镜下愈合，同时要达到组织学的愈合，即显微镜下观察到完全长好，才算治愈。所以此复杂的过程一定要在医生的指导下进行，不能自主停药。