盆腔囊肿需要鉴别的疾病有黄体囊肿、巧克力囊肿、卵巢畸胎瘤等。
1、黄体囊肿：是女性在排卵后形成的一种生理性囊肿。正常和妊娠期黄体直径小于2cm，若黄体直径达2-3cm，称囊状黄体，若直径大于3cm，则称黄体囊肿。黄体囊肿多发生于生育年龄的妇女，无临床症状时无须处理，多数囊肿可自行消退，但偶尔囊肿破裂出血可引起急腹症。
2、巧克力囊肿：由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，而形成的存在陈旧性积血的囊肿。主要表现为盆腔疼痛、性交痛、月经异常和不孕等。超声、核磁共振等检查有助于诊断。
3、卵巢畸胎瘤：一种来源于生殖细胞最常见的肿瘤，其良、恶性及恶性程度取决于组织分化程度。患者多无明显症状，随着肿瘤生长，可出现腹痛、腹胀、腹部异常肿块等表现。影像学检查及肿瘤标记物等实验室检查有助于诊断和鉴别。
