肾积水最直接的原因是肾下方的泌尿系统出现梗阻，如水池里水流不下去，最常见的原因就是下水道某个地方堵塞或者不通畅。
对于单侧肾积水而言，最常见的梗阻部位是其下方的输尿管，原因可能是输尿管肿瘤、输尿管结石、输尿管炎性狭窄。而对于双侧肾积水而言，梗阻部位既可以发生在双侧的输尿管，也可以发生在其下方的膀胱和尿道。
双侧输尿管同时发病，最常见的疾病是双侧输尿管结石。而其下方膀胱尿道的疾病，最常见的原因是膀胱颈部的梗阻或尿道狭窄。
对于男性而言，还有一个非常常见的疾病叫前列腺增生。前列腺压迫尿道，使得膀胱的尿液无法通过狭窄部尿道完全排出体外，来自双侧输尿管的尿液无法完全排入膀胱，就会表现为双肾积水。
