胆总管囊肿随着病理变化，有相当一部分人会伴有胆胰合流异常。胰液对胆道的刺激可以导致胆道的病理变化。有资料显示，胆总管囊肿的孩子较正常人，胆道发生癌变的几率明显提高，原因之一就是胆胰合流异常。

所以通常在胆总管囊肿的处理上一旦明确诊断，建议尽早做囊肿切除和胆胰分流，避免胰液进入胆道对囊壁的继发性刺激，可以最大限度减少胆道癌变的可能，也是很好的预防措施。