胃肠道间质瘤是胃肠道常见肿瘤，早期可无明显症状或症状不明显，出现轻微消化不良，恶心、腹痛、反胃等。通常可能无意进行CT检查、胃镜检查时，发现胃外周、胃壁间、胃腔内息肉样肿块。但间质瘤后期、晚期可以发生缺血、溃疡、坏死、破裂。如果破到胃腔，可表现胃出血、黑便、血便、恶心、呕吐、呕血、休克。如果肿瘤长胃外表，发生破溃，可以发生出血，表现腹痛、腹胀、休克、贫血等症状。

胃镜检查可在胃腔、胃黏膜下发现肿块、隆起，黏膜可有破溃、溃疡。如果胃外腔，胃镜表现外压性肿块，CT可表现胃壁肿块，肿块可大、可小，可表现分叶状或球形，甚至边上脏器挤压、侵犯粘连。如果肿瘤破溃，可出现腹腔积液、梗阻、种植转移灶结节。